Centro Internacional de Pesquisa (CIPE)

Core Facilities
Core Facilities

Publicado em: 16/06/2020 - 15:35

Atualmente, o A.C.Camargo Cancer Center conta com sete core facilities (Biotério, Cultura de células, Bioinformática, Sequenciamento genômico, Citometria de fluxo, Biobanco e Histologia e Imuno-histoquímica).

O CIPE dispõe de uma área de mais de 300 m² dedicada ao biotério SPF (Specific Pathogen Free), com camundongos imunodeficientes e transgênicos. O espaço é equipado com salas de criação, experimentação e cirurgia. Os animais são mantidos em racks ventilados com microisoladores e fluxos laminares. O espaço é equipado ainda com aparato estereostático para cirurgias cerebrais e um equipamento de bioimagem (IN-VIVO FX Pro). Os animais do biotério são utilizados com anuência do Comitê de Ética em Uso de Animais da Fundação Antônio Prudente e do Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal (CONCEA).

Coordenador técnico-científico

Dr. Tiago Góss dos Santos
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2943
E-mail: tsantos@accamargo.org.br

Responsável técnico

Denise Isoldi Seabra - Médica Veterinária

Técnicos de biotério

Oraci Leite

Jonatas Pereira Batista

O core facility de cultura de células possui um acervo de linhagens celulares comerciais e linhagens derivadas de tumores de pacientes atendidos no A.C.Camargo. As células encontram-se organizadas em bancos de células e estão disponíveis para os pesquisadores do A.C.Camargo para utilização nas salas de cultura de células NB1 e NB2, localizadas no CIPE.
A sala de cultura NB1 é equipada com quatro capelas de fluxo laminar, três incubadoras de células, microscópios e centrífugas, permitindo a manipulação de organismos geneticamente modificados (OGM). Esta sala é certificada pela Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio) e todos os usuários são treinados para a utilização segura do espaço. A sala de cultura NB2 é certificada pela CTNBio, permitindo a manipulação de amostras que contenham algum agente de risco biológico associado a uma patologia humana de gravidade variável. Esta sala é equipada com uma capela de fluxo laminar Classe II tipo B-2 e autoclave para inativação dos potenciais agentes patogênicos. Também conta com microscópio, centrífuga e incubadora de células.

Coordenador técnico-científico

Dr. Tiago Góss dos Santos
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2943
E-mail: tsantos@accamargo.org.br

Técnicos

Felipe Moreira - Técnico de Pesquisa I

Danilo das Neves Silva Santos - Técnico de Pesquisa I

O Biobanco do A.C.Camargo Cancer Center foi criado em 1997 e é considerado referência nacional. Ele armazena amostras de tecido e centraliza a purificação de macromoléculas de todas as amostras humanas coletadas com o consentimento informado dos pacientes. Todos os pesquisadores do A.C.Camargo e externos que tiverem seus projetos aprovados pelo CEP institucional podem solicitar amostras e serviços do Biobanco. Esse serviços incluem:

  • Coleta de tecido congelado (tumoral, normal e metástase) e sangue no momento na cirurgia (pacientes que assinaram o TCLE do Biobanco)
  • Processamento de biofluidos (plasma, soro, urina, saliva, escarro, citologia etc.) coletados para projetos prospectivos
  • Extração de DNA/RNA do material acima descrito de forma automatizada pelo equipamento QIASymphony (Qiagen)
  • Entrega das amostras com relatório de qualidade: qualificação e macrodissecção do tecido, quantificação do RNA/DNA pelo equipamento Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies), avaliação de pureza pelo Nanodrop™ ND-1000 (Thermo Scientific) e análise de integridade pelo Tapestation 4200 (Agilent Technologies)

Coordenadora técnico-científico

Dra. Marina De Brot Andrade
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2781
E-mail: marina.debrot@accamargo.org.br

Supervisora

Dra. Eloisa Helena Ribeiro Olivieri
Telefone: (11) 2189-5000 - ramais: 2781 e 2728
E-mail: eloisa.ribeiro@accamargo.org.br

O Core Facility de sequenciamento genômico do Centro Internacional de Pesquisa (CIPE) do A.C.Camargo Cancer Center tem como objetivo proporcionar acesso a novas tecnologias de sequenciamento aos investigadores da instituição, oferecendo suporte na escolha da plataforma mais adequada para cada projeto experimental, no desenho experimental, preparo das amostras e sequenciamento.

Atualmente o core de sequenciamento genômico conta com 4 plataformas de sequenciadores de alto desempenho, sendo elas Ion PGM Torrent, Ion Proton, Ion GeneStudio S5 (Thermo Fisher), e a plataforma NextSeq 500 System (Illumina). O laboratório conta ainda com equipamentos acessórios como Ion Chef, OneTouch 2, OneTouchEnrichment, Covaris, Hybex, necessários para as etapas de preparo de biblioteca, PCR em emulsão e enriquecimento.

A infraestrutura da facility é composta por 3 salas independentes, sendo uma exclusiva para o preparo das bibliotecas, e outras duas salas com temperatura controlada que abrigam as plataformas de sequenciamento, garantindo assim seu funcionamento adequado, e seus equipamentos acessórios.

A estrutura geral do laboratório permite o desenvolvimento de projetos para diversas aplicações, entre elas, sequenciamento completo do exoma, sequenciamento de regiões-alvo, transcriptoma a partir de mRNA, microRNAs ente outras.

Gerência Operacional de Pesquisa

Dr. Bernardo Rodrigues Peixoto
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2973
E-mail: bernardo.peixoto@accamargo.org.br

Coordenador técnico-científico

Dra. Bruna Durães de Figueiredo Barros
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 5083
E-mail: bruna.barros@accamargo.org.br

O core facility de bioinformática oferece três tipos de análises de dados de sequenciamento de alto desempenho (NGS): (1) detecção de variantes hereditárias (germinativa), (2) variantes somáticas e (3) expressão gênica. Todos os métodos utilizados nas análises são atuais e acompanham o estado da arte para esse tipo de tecnologia. A análise e a apresentação dos resultados são realizadas na plataforma cBioPortal (www.cbioportal.org). Para a realização das análises, a facility utiliza infraestrutura computacional robusta, com um total de 152 CPUs, 500GB de RAM e 70TB de armazenamento, o que possibilita o processamento de diversas análises em conjunto.

Coordenador Científico

Dr. Israel Tojal
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2941
E-mail: itojal@accamargo.org.br

Analista de bioinformática

Alexandre Defelicibus
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2959
E-mail: alexandre.defelicibus@accamargo.org.br

O core facility de Histologia e Imuno-histoquímica (IHQ) oferece serviços de apoio à pesquisa na (i) preparação de tecido para fixação em formalina e inclusão em parafina (FFPE - formalin fixed paraffin embedded); (ii) corte e coloração em Hematoxilina & Eosina (H&E) de tecidos congelados e parafina; (iii) corte e coloração para Imuno-histoquímica e TMA (Tissue microarray); (iv) Microdissecção a Laser (LCM) e (v) scanning de lâminas. A análise de IHQ é feita na plataforma Ventana (Roche) e a digitalização de lâminas no equipamento Aperio (Leica). A consultoria médico-científica, incluindo análise das lâminas patológicas, é realizada em parceria com o departamento de Anatomia Patológica do A.C.Camargo Cancer Center.

Supervisora

Dra. Eloisa Helena Ribeiro Olivieri
Telefone: (11) 2189-5000 - ramais: 2781 e 2728
E-mail: eloisa.ribeiro@accamargo.org.br

A Core Facility de Citometria de Fluxo apoia o pesquisador nas várias etapas do projeto, desde o delineamento experimental (escolha de reagentes e controles experimentais), leitura das amostras no citômetro, até análise e discussão dos resultados.

Os equipamentos disponíveis são:

  • FACSCanto II (BD Biosciences) com 3 lasers, azul (488 nm), vermelho (633 nm) e violeta (405 nm), permitindo avaliação de 10 parâmetros simultâneos, que incluem Forward Scatter, Side Scatter e 8 canais de fluorescência.
  • FACSymphony (BD Biosciences) com 5 lasers, azul (488 nm), vermelho (637 nm) violeta (405 nm), yellow-green (561 nm) e UV (355 nm), permitindo avaliação de 30 parâmetros simultâneos, que incluem Forward Scatter, Side Scatter e 28 canais de fluorescência.
  • FACSAria Fusion (BD Biosciences) com 2 lasers, azul (488 nm) e vermelho (640 nm) e violeta (405 nm), permitindo avaliação de 10 parâmetros simultâneos, que incluem Forward Scatter, Side Scatter e 8 canais de fluorescência.

Coordenador Científico

Dr. Kenneth John Gollob
Telefone: (11) 2189-5000 - ramal: 2974
E-mail: kenneth.gollob@accamargo.org.br

Técnica Científica

Clara Maciel Cavalcanti
Telefone: (11) 2189-5000 - ramais: 2978 e 2914
E-mail: clara.cavalcanti@accamargo.org.br