Laboratório de Biologia Computacional e Bioinformática
Laboratório de Biologia Computacional e Bioinformática

Highlight

Pesquisador responsável
Israel Tojal da Silva, PhD http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4706848U9

Somos uma equipe multi-disciplinar com um time especializado permanente, estudantes de mestrado e doutorado com formação acadêmica nas áreas de ciências biológicas e exatas.

Uma parte essencial da pesquisa sobre o câncer é a análise e a interpretação de dados complexos.

Nosso grupo desenvolve e aplica métodos computacionais com o objetivo de aprofundar nossa compreensão a respeito da biologia do câncer e otimizar a prevenção e futuras terapias. Alguns dos nossos projetos de pesquisa em andamento no laboratório incluem:

Assinaturas Mutacionais:

O câncer origina-se de uma única célula que começa a se comportar de maneira anormal devido a mutações somáticas que ocorrem em seu DNA. Nosso objetivo é desenvolver métodos computacionais para detectar os mecanismos que geram essas mutações.

Composição celular:

O microambiente tumoral não é composto apenas de células tumorais, mas de uma vasta gama de tipos celulares, incluindo células do sistema imunológico. A determinação desse tipo de células em tumores fornece não apenas informações prognósticas, mas também pode levar ao desenvolvimento de marcadores preditivos e novas estratégias terapêuticas. Especificamente pretendemos desenvolver e aplicar abordagens integrativas para estimar a composição do infiltrado inflamatório no ambiente tumoral.

Neoantígenos

Ao longo da progressão do tumor, algumas mutações somáticas criam neoantígenos que, por sua vez, tornam-se visíveis e são reconhecidas pelo sistema imunológico. Essa classe de mutações representam uma oportunidade para o desenvolvimento de intervenções imunoterápicas que visam aumentar ou iniciar as respostas imunológicas antitumorais. Estamos interessados em caracterizar a heterogeneidade dos neoantígenos em tumores sólidos e entender sua influência na vigilância imunológica.

Pesquisadores:

Rodrigo Drummond Couto Duarte, PhD http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4763069Z8

Renan Valieris http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4214993J9

Alunos:

Alexandre Defelicibus http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4999369A6

Bruno Spinetti Moda http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4383301Y1

Daniel Gaspar Gonçalvez http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K8741164Y9

Irina Gueroldovna Bobrovnitchaia http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4231906A7

Jaqueline Ramalho http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4993096H1

Monize Nakamoto Provisor Santos http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4319474Z3

Projetos em andamento

2015 - Atual: Epidemiologia e Genômica de Adenocarcinomas Gástricos no Brasil ( 14/26897-0 )
2017 - Atual: de Oncogenômica e Inovação Terapêutica ( 14/50943-1 )

Financiamentos

2016-2018: FAPESP: Auxílio à Pesquisa - Regular ( 15/19324-6 ) 2016-2017: AMAZON - Cloud Credits for Research

Publicações

Grüning B, Dale R, Sjödin A, Chapman BA, Rowe J, Tomkins-Tinch CH, Valieris R, Köster J; Bioconda Team.

Bioconda: sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences. Nat Methods. 2018 Jul;15(7):475-476.

Cohn LB, da Silva IT, Valieris R, Huang AS, Lorenzi JCC, Cohen YZ, Pai JA, Butler AL, Caskey M, Jankovic M, Nussenzweig MC. Clonal CD4+ T cells in the HIV-1 latent reservoir display a distinct gene profile upon reactivation. Nat Med. 2018 May;24(5):604-609. doi: 10.1038/s41591-018-0017-7.

Battivelli E, Dahabieh MS, Abdel-Mohsen M, Svensson JP, Tojal Da Silva I, Cohn LB, Gramatica A, Deeks S, Greene WC, Pillai SK, Verdin E. Distinct chromatin functional states correlate with HIV latency reactivation in infected primary CD4+T cells. Elife. 2018 May 1;7. pii: e34655.

Torrezan GT, de Almeida FGDSR, Figueiredo MCP, Barros BDF, de Paula CAA, Valieris R, de Souza JES, Ramalho RF, da Silva FCC, Ferreira EN, de Nóbrega AF, Felicio PS, Achatz MI, de Souza SJ, Palmero EI, Carraro DM. Complex Landscape of Germline Variants in Brazilian Patients With Hereditary and Early Onset Breast Cancer. Front Genet. 2018 May 7;9:161.

Ramirez MI, Amorim MG, Gadelha C, Milic I, Welsh JA, Freitas VM, Nawaz M, Akbar N, Couch Y, Makin L, Cooke F, Vettore AL, Batista PX, Freezor R, Pezuk JA, Rosa-Fernandes L, Carreira ACO, Devitt A, Jacobs L, Silva IT, Coakley G, Nunes DN, Carter D, Palmisano G, Dias-Neto E. Technical challenges of working with extracellular vesicles. Nanoscale. 2018 Jan 18;10(3):881-906.

Garcia-Rosa S, de Amorim MG, Valieris R, Marques VD, Lorenzi JCC, Toller VB, do Olival GS, da Silva Júnior WA, da Silva IT, Barreira AA, Nunes DN, Dias-Neto E. Exome sequencing of multiple-sclerosis patients and their unaffected first-degree relatives. BMC Res Notes. 2017 Dec 12;10(1):735. Amorim MG, Valieris R, Drummond RD, Pizzi MP, Freitas VM, Sinigaglia-Coimbra R, Calin GA, Pasqualini R, Arap W, Silva IT, Dias-Neto E, Nunes DN. A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies. Sci Rep. 2017 Oct 31;7(1):14395.

Teixeira AA, Marchiò S, Dias-Neto E, Nunes DN, da Silva IT, Chackerian B, Barry M, Lauer RC, Giordano RJ, Sidman RL, Wheeler CM, Cavenee WK, Pasqualini R, Arap W. Going viral? Linking the etiology of human prostate cancer to the PCA3 long noncoding RNA and oncogenic viruses. EMBO Mol Med. 2017 Oct;9(10):1327-1330. doi: 10.15252/emmm.201708072.

Fehrenbacher N, Tojal da Silva I, Ramirez C, Zhou Y, Cho KJ, Kuchay S, Shi J, Thomas S, Pagano M, Hancock JF, Bar-Sagi D, Philips MR. The G protein-coupled receptor GPR31 promotes membrane association of KRAS. J Cell Biol. 2017 Aug 7;216(8):2329-2338.

Rosales RA, Drummond RD, Valieris R, Dias-Neto E, da Silva IT. signeR: an empirical Bayesian approach to mutational signature discovery. Bioinformatics. 2017 Jan 1;33(1):8-16.

Breton G, Zheng S, Valieris R, Tojal da Silva I, Satija R, Nussenzweig MC. Human dendritic cells (DCs) are derived from distinct circulating precursors that are precommitted to become CD1c+ or CD141+ DCs. J Exp Med. 2016 Dec 12;213(13):2861-2870.

Thomas AM, Jesus EC, Lopes A, Aguiar S Jr, Begnami MD, Rocha RM, Carpinetti PA, Camargo AA, Hoffmann C, Freitas HC, Silva IT, Nunes DN, Setubal JC, Dias-Neto E. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. Front Cell Infect Microbiol. 2016 Dec 9;6:179.

Robbiani DF, Deroubaix S, Feldhahn N, Oliveira TY, Callen E, Wang Q, Jankovic M, Silva IT, Rommel PC, Bosque D, Eisenreich T, Nussenzweig A, Nussenzweig MC. Plasmodium Infection Promotes Genomic Instability and AID-Dependent B Cell Lymphoma. Cell. 2015 Aug 13;162(4):727-37