Centro Internacional de Pesquisa (CIPE)

Core Facilities
Core Facilities

Atualmente, o A.C. Camargo Cancer Center conta com sete core facilities (Biotério, Cultura de células, Bioinformática, Sequenciamento Genômico, Citometria de Fluxo, Biobanco e Histologia e Imunohistoquímica):

O CIPE dispõe de uma área de mais de 300 m² dedicada ao biotério SPF (Specific Pathogen Free), com camundongos imunodeficientes e transgênicos. O espaço é equipado com salas de criação, experimentação e cirurgia. Os animais são mantidos em racks ventilados com microisoladores e fluxos laminares. O espaço é equipado ainda com aparato estereostático para cirurgias cerebrais e um equipamento de bio-imagem (IN-VIVO FX Pro). Os animais do biotério são utilizados com anuência do Comitê de Ética em Uso de Animais da Fundação Antônio Prudente e do Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal (CONCEA).

Equipe:

Coordenador técnico-científico: Tiago Góss dos Santos, PhD
Responsável técnico: Denise Isoldi Seabra, Médica Veterinária
Técnicos de biotério: Oraci Leite e Jonatas Pereira Batista

O core facility de cultura de células possui um acervo de linhagens celulares comerciais e linhagens derivadas de tumores de pacientes atendidos na instituição. As células encontram-se organizadas em bancos de células e estão disponíveis para os pesquisadores da instituição para utilização nas salas de cultura de células NB1 e NB2, localizadas no CIPE.
A sala de cultura NB1 é equipada com quatro capelas de fluxo laminar, três incubadoras de células, microscópios e centrífugas, permitindo a manipulação de organismos geneticamente modificados (OGM). Esta sala é certificada pela Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio) e todos os usuários são treinados para a utilização segura do espaço. A sala de cultura NB2 é certificada pela CTNBio, permitindo a manipulação de amostras que contenham algum agente de risco biológico associado a uma patologia humana de gravidade variável. Esta sala é equipada com uma capela fluxo laminar Classe II tipo B-2 e autoclave para inativação dos potenciais agentes patogênicos. Também conta com microscópio, centrífuga e incubadora de células.

Equipe:

Coordenador técnico-científico: Tiago Góss dos Santos, PhD
Técnico: Felipe Moreira e Danilo dos Santos

O Biobanco do A.C. Camargo Cancer Center foi criado em 1997 e é considerado referência nacional. Ele armazena amostras de tecido e centraliza a purificação de macromoléculas de todas as amostras humanas coletadas com o consentimento informado dos pacientes. Todos os pesquisadores da instituição e externos que tiverem seus projetos aprovados pelo CEP institucional podem solicitar amostras e serviços do Biobanco. Esse serviços incluem:

  • Coleta de tecido congelado (tumoral, normal e metástase) e sangue no momento na cirurgia (pacientes que assinaram o TCLE do Biobanco)
  • Processamento de biofluidos (plasma, soro, urina, saliva, escarro, citologia, etc) coletados para projetos prospectivos
  • Extração de DNA/RNA do material acima descrito de forma automatizada pelo equipamento QIASymphony (Qiagen)
  • Entrega das amostras com relatório de qualidade: qualificação e macrodissecção do tecido, quantificação do RNA/DNA pelo equipamento Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies), avaliação de pureza pelo Nanodrop™ ND-1000 (Thermo Scientific) e análise de integridade pelo Tapestation 4200 (Agilent Technologies)

Equipe:

Coordenador Técnico-científico: Antonio Hugo J. M. Campos
Supervisora: Eloisa H R Olivieri
Ramal: 1135 e 2728

O core facility de sequenciamento genômico proporciona aos pesquisadores acesso às novas tecnologias de sequenciamento de alto desempenho (NGS), dá suporte na escolha da plataforma mais adequada para cada projeto experimental, auxilia no desenho experimental, preparo das amostras e sequenciamento. Atualmente, o Core Facility conta com três tipos plataformas: Ion PGM Torrent, Ion Proton e a plataforma NextSeq 500 System da empresa Illumina. O laboratório conta ainda com equipamentos acessórios como OneTouch 2, OneTouch Enrichment, Covaris, Hybex, necessários para as etapas de preparo de biblioteca, PCR em emulsão e enriquecimento.
A infraestrutura da facility é composta por 3 salas independentes, sendo uma exclusiva para o preparo das bibliotecas, e outras duas salas com temperatura controlada, que garante o funcionamento adequado das plataformas de sequenciamento e dos equipamentos acessórios. Todo esse recurso permite o desenvolvimento de projetos para diversas aplicações, entre elas, sequenciamento completo do exoma, sequenciamento de regiões-alvo, transcriptoma a partir de mRNA, microRNAs entre outras.

Equipe:

Coordenador Técnico-científico: Bruna Durães de Figueiredo Barros, PhD
Contato: bruna.barros@accamargo.org.br

O core facility de bioinformática oferece três tipos de análises de dados de sequenciamento de alto desempenho (NGS): (1) detecção de variantes hereditárias (germinativa), (2) variantes somáticas e (2) expressão gênica. Todos os métodos utilizados nas análises são atuais e acompanham o estado da arte para este tipo de tecnologia. A análise e apresentação dos resultados são realizados na plataforma cBioPortal (www.cbioportal.org). Para a realização das análises, a facility utiliza infraestrutura computacional robusta, com um total de 152 CPUs, 500GB de RAM e 70TB de armazenamento, o que possibilita o processamento de diversas análises em conjunto.

Equipe:

Israel Tojal, PhD – Coordenador Científico
Alexandre Defelicibus, MSc - Analista de Bioinformática
alexandre.defelicibus@accamargo.org.br - Ramal 2959

O core facility de Histologia e Imunohistoquímica (IHQ) oferece serviços de apoio à pesquisa na (i) preparação de tecido para fixação em formalina e inclusão em parafina (FFPE - formalin fixed paraffin embedded); (ii) corte e coloração em Hematoxilina & Eosina (H&E) de tecidos congelados e parafina; (iii) corte e coloração para Imunohistoquímica e TMA (Tissue microarray); (iv) Microdissecção a Laser (LCM) e (v) scanning de lâminas. A análise de IHQ é feita na plataforma Ventana (Roche) e a digitalização de lâminas no equipamento Aperio (Leica). A consultoria médico científica, incluindo análise das lâminas patológicas, é realizada em parceria com o departamento de Anatomia Patológica da Instituição.


Equipe:

Supervisão: Eloisa H. R. Olivieri
Ramal: 2786

O core facility de Citometria de Fluxo apoia o pesquisador nas várias etapas do projeto, desde o delineamento experimental (escolha de reagentes e controles experimentais), leitura das amostras no citômetro, até análise e discussão dos resultados.
Atualmente, o equipamento disponível é um FACSCanto II (BD Biosciences) com 3 lasers azul (488 nm), vermelho (633 nm) e violeta (405 nm), permitindo avaliação de 10 parâmetros simultâneos, incluindo Forward Scatter, Side Scatter e 8 canais de fluorescência.

Equipe:

Coordenador científico: Dr. Kenneth Gollob
Técnica científica responsável: Clara Cavalcanti


Contatos:

Dr. Kenneth Gollob - kenneth.gollob@accamargo.org.br – Ramal: 2974
Clara Cavalcanti - clara.cavalcanti@accamargo.org.br – Ramal: 2978